Kaffka Margit 1899-ben került fel Budapestre, ahol az Erzsébet Nőiskola - ami a köznyelvben még a névváltás után is sokáig Zirzen-intézet néven emlegettek - Polgári Iskolai Tanítónőképző Intézetének bennlakó növendéke lett. Ezt megelőzően, 1886-tól három évig a szatmári irgalmas nővérek zárdájában tanult - melynek élményei a Levelek a zárdából című levélregényét ihlették -, azonban betegeskedése miatt nem tudta letenni a vizsgáit, és kimaradt az iskolából. Ekkor édesanyja és mostohaapja kesztyűboltba és varrodába akarták adni, ám szembetegsége miatt végül lemondtak a tervükről, így Kaffkának mindenképpen tovább kellett tanulnia, hogy pénzkereső foglalkozásra tehessen szert. Kaffka ezek után a Szatmármegyei Nőegylet Nőipariskolájában (1890-1892), majd a leánypolgári iskolában (itt 1894-ben tett tett magánvizsgát, mivel az intézmény csak erre adott lehetőséget) folytatta a tanulmányait, és ekkor már eltökélte, hogy tanári pályára fog lépni.
A polgári vizsga után a Szent Vince Irgalmas Nővérek zárdájának tanítóképzőjébe járt - először bejáró növendékként, majd ingyenes bentlakóként -, ahol 1898-ban szerzett tanítói oklevelet. 1898-1899 között bentlakó tanár volt az irgalmas nővérek miskolci zárdájában, mivel korábban szerződést kötött a renddel, hogy az ingyenes bentlakásért cserébe, és a képesítő megszerzését követően egy évig fizetés nélkül tanít Miskolcon vagy Lőcsén. Kaffka ennek az évnek a leteltét követően után tovább szeretett volna tanulni, s a neves budapesti Erzsébet Nőiskolába szeretett volna bekerülni, mely azonban rengeteg utánajárást igényelt, melyről így írt barátnőjének, Nemestóthy Szabó Hedvignek (Heddának):
Az ügyem miatt bejártam Dorottya egyletet, Zirzen képzőt, igazgatónőt, ministériumot, — s a fix eredmény sok szép szó, biztató mosoly,— meg hogy az angol kisasszonyok zárdájába az ottani polgári képzőn bevettek ingyenesnek. De persze nem megyek, —csak nem bomlottam meg. Újra zárdába nyomorogni, — mikor a lelkem, az egyéniségem, a tehetségem és a vágyaim mind az államhoz, az egészséges, uj, activ szervezethez vonnak az egyház idejét mult, elaggott feszes és előítéletes intézményeitől. [Kaffka Margit levele Nemestóthy Hedvignek, Miskolc, 1899. április 15.]
Az írónő édesanyja végül Károlyi Istvánnéhoz fordult segítségért, így az ő közbenjárására Kaffkának végül sikerült bekerülnie az intézetbe. Az intézmény által megkívánt fehérnemű elkészítéséhez azonban pénzre lett volna szükség, így az írónő először az édesanyjától, majd a nagyapjától kért anyagi segítséget, így végül meg tudta venni a szükséges anyagot, majd saját kezűleg varrta meg a ruháját.